研究企画開発部	全国教育研究所連盟を通じた全国の教育研究所・センターとの共同研究、所内の複数部・センターにまたがるテーマの調査研究など。
教育政策・評価研究部	教育行財政、学校に関する制度、教育政策に関する評価の在り方など、教育政策の立案、実施、評価の基礎となる基礎的・実証的な調査研究など。
生涯学習政策研究部	生涯学習の体系化、生涯学習のプログラム開発、生涯学習の成果の評価に関する理論的・基礎的研究や、「OECD国際成人力調査（PIAAC）」など。
初等中等教育研究部	初等中等教育における教員の指導力の向上や学校規模に関する研究、指導方法や教員評価の在り方等、初等中等教育政策に係る基礎的事項の調査研究など。
高等教育研究部	高等教育と初等中等教育の接続に係わる課題、高等教育機関と科学技術開発との連携、高等教育機関と産業社会との相関システム等、高等教育政策に係る基礎的事項の調査研究など。
国際研究・協力部	ユネスコ、アジア・太平洋経済協力（APEC）等国際機関との国際教育協力活動、「OECD生徒の学習到達度調査（PISA）」等の国際比較調査、諸外国の教育政策や改革動向についての基礎的情報の収集・分析など。
教育研究情報センター	教育に関する情報システムの機能充実を図るための調査研究や教育図書館の機能充実を図るための調査研究など。
教育課程研究センター	全国学力・学習状況調査、教育課程実施状況調査、特定の課題に関する調査等の各種調査、研究指定校・地域指定事業、指導資料・事例集編集等、初等中等教育の教育課程に関する政策に係る基礎的な事項の調査及び研究など。
生徒指導・進路指導研究センター	初等中等教育における生徒指導・進路指導に関する政策に係る基礎的な事項の調査・研究など。
社会教育実践研究センター	社会教育活動の実態に関する全国調査や社会教育事業の質的向上を図るための実践的な調査研究、社会教育指導者の養成・資質向上に資する調査研究など。
文教施設研究センター	近年の文教施設を取り巻く社会状況の変化や教育課程の充実・改善に関する各種提言への対応など、文教施設が直面する様々な課題に対応する施策の企画・立案に関する基礎的・専門的調査研究など。