研究企画開発部
本研究所の研究・事業活動全体の企画・調整を行っています。教育政策上の課題や社会からの要請に対応して組織横断的にチームを組んで取り組む「プロジェクト研究」が効果的・効率的に実施されるよう、研究課題の設定、進行管理・成果報告などのマネジメントを実施しています。また、シンポジウムの開催、紀要やNIER NEWSの発行を通じて研究成果の発信も行っています。
〔教育研究情報推進室〕
本研究所の研究成果や、教育実践及び教育研究に関する多様な情報をホームページやデータベースで公開し、広く提供しています。また、教育関係の図書、資料を約54万4千冊所蔵する教育図書館が設置されており、研究所内外の研究活動を支援しています。このほか、本研究所の研究活動全体の基盤となる情報システムの整備及び運用・管理を行っています。
教育政策・評価研究部
これまでの教育政策の歴史的展開とこれからの展望を踏まえ、教育政策の立案、実施又は評価の基礎となる実証的な調査研究を進めています。近年は主に、地方教育行政の多様性・専門性に関する研究、客観的根拠を重視した教育政策の推進に関する基礎的研究、教育分野の公務労働に関する調査研究、子供や教師のウェルビーイングに関する調査研究等に取り組んでいます。
生涯学習政策研究部
国民の学習に関する意識やニーズ、成人の知識や技能のレベル・内容、多様な学習活動の評価等に係る基礎的な調査研究を行うとともに、学校や地域の生涯学習環境に相乗効果をもたらす連携・協働の推進に資する調査・分析を行っています。また、OECD（経済協力開発機構）による「国際成人力調査（PIAAC）」に参加しています。
初等中等教育研究部
初等中等教育政策に係る基礎的事項に関する調査研究を行っています。近年は、社会のデジタル化に呼応した「データ駆動型教育」の課題と実現可能性について、公正で質の高い教育の実現を目指す観点から検討する調査研究等に取り組んでいます。教育施策・実践に寄与できる研究ネットワークを構築すべく、所内外の多様な専門家と協働してシンポジウムを開催するなど研究成果を積極的に発信しています。
高等教育研究部
高等教育政策の企画・立案に資する調査研究や、大学教育の改善に資する調査研究を行っています。また、大学・研究機関・行政機関等との間の交流ネットワークの形成を視野に入れた公開研究会等も行っています。
国際研究・協力部
他の部・センターと協力しながら、OECDの「生徒の学習到達度調査（PISA）」「国際教員指導環境調査（TALIS）」をはじめとする国際共同研究の実施や、UNESCO（国際連合教育科学文化機関）との国際共同研究などを担当しています。さらに、文部科学省の政策課題に関連した様々な調査研究や、日本の教育システムや政策等に関する基礎的情報を英文で発信する事業を行っています。
教育データサイエンスセンター
データ駆動型の教育を実現し、さらなる教育の質向上を図るため、教育データを効果的に収集・分析し、その結果の活用を促進するための環境整備等が求められており、我が国の教育データ分析・研究、成果共有の拠点（ハブ）として、①教育データや取組を共有するための基盤整備、②教育データ分析・研究の推進、③国や自治体における教育データ分析・研究の支援に取り組んでいます。
教育課程研究センター
①初等中等教育の教育課程に関する政策に係る基礎的な事項の調査及び研究、②それらに関する国内の研究機関、大学その他の関係機関との連絡及び協力、③国内の教育機関及び教育関係者に対する初等中等教育の教育課程に関する援助及び助言などの業務を行っています。具体的には、全国学力・学習状況調査の文部科学省との共同実施、学習指導要領実施状況調査（旧教育課程実施状況調査）、国際数学・理科教育動向調査（TIMSS）、探究的な学びの充実に向けた教育課程の在り方に関する研究、評価規準・評価方法等の研究開発、教育課程実践検証協力校事業及び指導資料・事例集等の作成などの事業や、教育委員会、学校、教育関係者に対するカリキュラムや指導方法についての支援を実施しています。
生徒指導・進路指導研究センター
生徒指導（一人一人の児童生徒の人格を尊重し、個性の伸長を図りながら、社会的資質や行動力を高めるための指導・援助）や、進路指導（児童生徒が自己の生き方を考え、将来の進路を主体的に選択していく能力や態度を育成するための指導・援助）の充実を図るため、調査研究及び教育委員会・学校等に対する専門的な援助・助言等を行っています。具体的には、いじめ・不登校の未然防止、キャリア教育の推進、社会情緒的能力の育成等に資する調査研究を実施し、その成果を報告書・リーフレット等にまとめ、普及・活用を図っています。
幼児教育研究センター
国における幼児教育に関する調査研究の拠点として、①幼児教育に関する調査研究の推進、②国内外の研究機関や地方自治体・幼児教育センター、幼稚園等との研究ネットワークの構築、③地方自治体や幼児教育関係者等への研究成果の普及を行っています。また、文部科学省、こども家庭庁と連携・協力しながらOECD の「国際幼児教育・保育従事者調査(TALIS Starting Strong)」の実施・分析を担っています。
社会教育実践研究センター
地方公共団体における社会教育を支援するため、「社会教育活動の実態に関する基本調査」や「社会教育事業の充実向上を目指したプログラム開発」、「社会教育指導者の養成・資質向上に資する研究」などの実践的な調査研究を行っています。また、全国の社会教育関係者・研究者の参加を得て、当面する社会教育に関する諸課題をテーマにした研究交流会や研究セミナーを開催しているほか、文部科学省や文化庁との共催による社会教育指導者の資質向上のための研修事業などを実施しています。
文教施設研究センター
文教施設を取り巻く社会状況の変化や、教育課程の充実・改善に関する各種提言を踏まえ、文教施設が直面する様々な課題について、基礎的・専門的な調査研究を行っています。具体的には、文教施設における環境対策、安全・安心な学校づくり、多様な学習活動への対応等に関する調査研究や、文教施設に関する情報収集、発信を進めています。また、海外の研究機関との交流事業の実施や、国内外から講師を招へいした文教施設研究講演会の開催など、国際的な研究交流も積極的に行っています。